С ее помощью можно синхронизировать архивы, сайты FTP, обновлять веб-сайты, управлять исходным кодом, находить отличия между двумя текстовыми файлами и т.д. Beyond Compare может сохранять образцы структуры выбранных папок и в заданное время сравнивать их с теми копиями, которые находятся у вас на диске.
Программа поддерживает большое количество операций с файлами и папками, в том числе скрипты для автоматизации заданий.